本所人員組織架構如下：
※所長：醫師兼所長1人，綜理本所公共衛生業務、門診醫療、行政相驗。
※第一組：辦理各項疫苗接種業務、各種傳染病通報及監測、癌症防治、優生保健、中老年病防治、結核病防治、托兒所幼稚園及國小健康管理、孕產婦及嬰幼兒健康管理、肝炎防治、衛生教育、菸害防制。
※第二組：辦理醫政管理業務、救護車檢查登記、民防及災難緊急應變、老人假牙、藥政管理業務、死因統計、行政相驗資料統計、會計、營業衛生、食品衛生管理、職場健康促進、資訊業務管理。
※總務：辦理財產管理、出納、採購、檔案管理、收發文、環境清潔。